В поздних главах манги показывается повзрослевший и изменившийся Наруто (там ему уже 15 лет). Он стал гораздо серьёзнее, выше (раньше он был самым низким в отряде), сильнее, быстрее и даже умнее. Некоторые его качества всё же остаются такими же: он оказывается единственным из всех сверстников, кто остался на уровне гэнина — все остальные за два с половиной года, оставшихся за кадром, получили ранг тюнинов, а некоторые даже дзёнинов — Хюга Нэдзи, Канкуро, Тэмари — и кадзэкагэ — Гаара.
В 367-й главе манги в разговоре Дзирайи и Цунадэ раскрывается, что отцом Наруто был Четвёртый Хокагэ, а матерью — Кусина Удзумаки. По их словам, Наруто внешне похож на отца, но по характеру и стилю ниндзюцу напоминает мать. Впоследствии принимает участие вместе с другими синоби в повторной миссии по спасению Саскэ, а также разрабатывает (с помощью Какаси и Ямато) уникальную технику завершенного «расэнгана» — «Расэнган-сюрикэн», при помощи которого поражает одного из членов Акацуки — Какудзу. Во время повторной миссии по спасению Саскэ встречает Итати, который делится с ним своей силой, чтобы в случае нападения Саскэ на Коноху Наруто смог его остановить.
После того как Наруто узнал о гибели Дзирайи и поняв что расшифровка его послания не говорит толком как победить Пейна он решает пойти тренироваться с Фукасаку к горе Мэгобудзан, чтобы стать сильнее, где когда-то тренировался Дзирайя, выучив все техники жабьего отшельника. После возвращения демонстрирует свою чрезвычайно возросшую силу, с легкостью уничтожая два тела Пэйна и несколько призванных им животных. В бою, из-за того что Пейн убивает Хинату, Наруто переполняется самыми страшными эмоциями, что когда либо чувствовал, и они пробуждают страшную силу — у Наруто высвобождается шесть хвостов. При этом из чакры Девятихвостого начинает формироваться скелет Лиса. Далее Наруто уже собирался сорвать печать окончательно, но его остановил Четвёртый Хокагэ, который поместил свой образ в подсознание Наруто когда запечатал лиса, чтобы в случае, если печать будет под угрозой срыва, он смог остановить превращение. После того, как Минато восстановил печать, Наруто решил найти настоящего Нагато, чтобы поговорить. Он находит Конан и Нагато в укрытии, в форме дерева. Нагато показывает Наруто, как он убил Дзирайю, а также свою первую боль, которую он испытал в мире. Нагато ждёт ответа Наруто и тот отвечает, что он будет верить в то, во что верил Дзирайя и он отказывается убивать Нагато. Ответ Наруто — никогда не сдаваться и найти мир — это слова, написанные в книги Дзирайи «Легенда о бесстрашном ниндзя». Выясняется, что образ главного героя книги и его слова Дзирайя написал с Нагато, когда тот был в возрасте Наруто, и Наруто фактически перенял мечты Нагато, и даже был назван в честь него: имя главного героя книги было Наруто. Родителям Наруто так понравилась книга и её главный герой, что они захотели, чтобы и их сын был на него похож, и дали ему имя главного героя книги. Нагато вспоминает свои мечты и верит, что Наруто это тот человек, который способен их воплотить в жизнь, и ценой своей жизни исполняет технику, которая оживляет всех людей в Конохе которых он убил, в том числе Хинату.
Какаси донёс до деревни падающего с ног от усталости Наруто, встречать которого вышли все жители. В это время Дандзо провел экстренное заседание Совета деревни, на котором Цунадэ была смещена с должности, а он сам назначен шестым Хокагэ. Он отдаёт приказ уничтожить Саскэ. Наруто следует на экстренную встречу хокагэ, чтобы убедить Райкагэ не убивать Саскэ. Райкагэ отвечает Наруто отказом. Тогда Наруто сам отправляется на поиски Саскэ, понимая, что либо будет убит, либо сам убьет. Чуть позже Гаара рассказывает ему о преступлениях Саскэ и объясняет, что настало время выбирать между мечтой стать хокагэ и дружбой с Саскэ. От страшных переживаний Наруто теряет сознание, в это время Сакура, решившая сама убить Саскэ, отправляется на его поиски. Она чуть не погибает от удара Саскэ, но появляется Наруто и cпасает её. Битва между Наруто и Саскэ началась, но не закончилась. По словам Наруто, этот бой может иметь только смертельный исход.
